Core Facility

Im Jahr 2008 haben wir die Geräte des LIFA für Hochdurchsatz-Genetik und –Genomik in einer zentralen Einheit zusammengefasst, die als interne Dienstleistungseinrichtung die Arbeit der Departments und Arbeitsgruppen am Institut unterstützt.

Durch diese Maßnahme können wir die Kernexpertise im Umgang mit den Geräten bündeln und die Qualitätssicherung nach Standard Operating Procedures (SOPs) verstärken. Zudem soll die Core Facility auch als Service-Einheit für unsere Kooperationspartner zur Verfügung stehen und zur Vernetzung des LIFA mit externen Forschungsgruppen beitragen. Außerdem erwarten wir, dass die Verbrauchs- und Wartungskosten sinken werden, weil sie in Zukunft mit einem internen Auftragswesen den Abteilungen und Gruppen zugeordnet werden können.

Bereits jetzt ist abzusehen, dass die neu angeschaffte Illumina-Plattform im Jahr 2010 durch interne und externe Nutzung zu etwa 80 Prozent ausgelastet sein wird.

Der technologische Teil der Core Facility wird ergänzt durch den Bereich „Studienpopulationen“. Dessen Aufgabe ist die Koordination der Patientenrekrutierung sowie die Probensammlung und –verwaltung. Er fungiert damit als direkte Verbindung zu unseren klinischen Partnern und unterstützt den Transfer der grundlagenorientierten Forschung in die klinische Forschung.

Zur Core Facility zählen die folgenden institutseigenen Großgeräte:

- TECAN-Roboter für DNA-Isolierung

- Sequenziermaschine ABI3730 für Sequenzierung mittels Kapillar-Elektrophorese

- Real-time-PCR-Systeme ABI7900 und ABI7500 für SNP-Genotypisierung mittels PCR und TaqMan-Technologie im 384- und 96-Well-Format

- Pipettier-Roboter TECAN Genesis RSP150, TECAN Genesis RSP100 und TECAN Aquarius  für DNA-Formatierung und Quantifizierung, Aufreinigung von Proben, Ansatz der TaqMan-PCR im 384-well-Format

- Hochdurchsatz-Plattform Illumina Bead Station 500 zur Durchführung von genomweiten Assoziations-, Expressions- und Methylierungsstudien